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La Direttiva 92/43/CEE, detta "Direttiva Habitat", prevede l'individuazione e la protezione di siti caratterizzati da habitat naturali e seminaturali e specie animali e vegetali, considerati di intessere comunitario.
La Direttiva Habitat contiene diversi allegati, che vengono periodicamente aggiornati, di cui i più rilevanti sono:

• Allegato I della "Direttiva Habitat": raccoglie l'elenco degli habitat naturali di interesse comunitario la cui conservazione richiede la designazione di aree speciali di conservazione. Alcuni di questi ambienti sono a rischio di scomparsa in Europa. Per tale motivo necessitano di una tutela rigorosa e sono definiti habitat di interesse prioritario.
• Allegato II della "Direttiva Habitat": elenca le specie animali (Mammiferi, Rettili, Anfibi, pesci, Artropodi e Molluschi) e vegetali di interesse comunitario la cui conservazione richiede la designazione di zone speciali di conservazione. Anche in questo caso sono individuate le speciale prioritarie.

La Direttiva 2009/147/CE, detta "Direttiva Uccelli" richiede sia la conservazione di numerose specie ornitiche sia l'individuazione di aree da destinarsi alla loro protezione. La Direttiva contiene diversi allegati, che vengono periodicamente aggiornati, di cui il più rilevante è:

• Allegato I della "Direttiva Uccelli": identifica le specie di Uccelli per le quali devono essere previste misure speciali di conservazione sugli habitat per garantire la sopravvivenza e la riproduzione delle specie nella loro area di distribuzione.

Vengono istituiti ai sensi della Direttiva Habitat 92/43/CEE del 21 maggio 1992 per salvaguardare e, se necessario, per ripristinare gli Habitat naturali, la flora e la fauna selvatica (ad eccezione degli Uccelli che vengono specificatamente tutelati dalla Direttiva Uccelli e attraverso le Zone di Protezione Speciale).
Sono Habitat di interesse comunitario quelli che:
rischiano di scomparire nella loro area di distribuzione naturale;
hanno un'area di distribuzione ridotta per degrado o perchè naturalmente ristretta;
costituiscono esempi di tipicità di una o più regioni biogeografiche.
Sono Specie di interesse comunitario quelle che:
sono in pericolo;
sono vulnerabili, cioè il loro passaggio nella categoria delle specie in pericolo è ritenuto probabile, qualora persistano i fattori di rischio;
sono rare, perchè localizzate in aree geografiche ristrette o sparpagliate su una superficie più ampia;
sono endemiche, cioè tipiche e uniche di un determinato territorio circoscritto.

Vengono istituite ai sensi della Direttiva Uccelli 2009/147/CE (ex 79/409/CEE)  per tutelare le specie di uccelli selvatici:
- minacciate di sparizione;
- minacciate dalle modifiche del loro habitat
- considerate rare in quanto la loro popolazione è scarsa o la loro ripartizione locale è limitata;
- che richiedono una particolare attenzione per la specificità del loro habitat

All'interno delle Direttive Habitat ed Uccelli sono elencate le specie faunistiche e floristiche selvatiche che devono essere tutelate dagli Stati membri.
In entrambi i casi sono stati individuati diversi gradi di tutela e che pertanto si distinguono in:

DIRETTIVA HABITAT
Nella Dir. Habitat vengono trattate tutte le specie floristiche e le specie faunistiche appartenenti al gruppo dei Mammiferi, dei Rettili, degli Anfibi, dei Pesci e, tra gli Invertebrati, degli Artropodi e dei Molluschi.
Allegato II: elenca le specie animali e vegetali la cui conservazione richiede la designazione di zone speciali di conservazione.
Allegato IV: elenca le specie animali e vegetali che richiedono una protezione rigorosa (comprende molte specie incluse in All. II).
Allegato V: elenca le specie animali e vegetali il cui prelievo in natura e il cui sfruttamento è consentito, compatibilmente con il loro mantenimento in uno stato di conservazione "soddisfacente".
Lo stato di conservazione di una specie è considerato "soddisfacente" quando:
i dati sulle popolazioni delle specie indicano che tale specie continua o può continuare a lungo termine ad essere elemento vitale degli habitat naturali a cui appartiene;
l'area di distribuzione naturale della specie non è in declino nè rischia di esserlo in un futuro prevedibile;
esiste e continuerà probabilmente ad esistere un habitat sufficiente affinchè le popolazioni della specie si mantengano a lungo termine.

DIRETTIVA UCCELLI
Nella Dir. Uccelli, invece, sono elencate unicamente lespecie ornitiche.
Allegato I: elenca le specie per le quali devono essere previste misure speciali di conservazione degli habitat, al fine di garantire la sopravvivenza e la riproduzione di tali specie nella loro area di distribuzione.
Allegato II/A: elenca le specie cacciabili.
Allegato II/B: elenca le specie cacciabili solo in alcuni Stati membri.
Allegato III/A: elenca le specie per le quali non è vietata la vendita, il trasporto per la vendita, la detenzione per la vendita, purchè gli uccelli siano stati in modo lecito uccisi o catturati o altrimenti legittimamente acquistati.
Allegato III/B: elenca le specie per le quali gli Stati membri possono ammettere, e prevedere limitazioni al riguardo, la vendita, il trasporto per la vendita, la detenzione per la vendita, purchè gli uccelli siano stati in modo lecito uccisi, catturati o acquistati.